"A.D." fortsetter der "The Bible" slapp, og gir oss demed fortsettelsen til den største fortellingen av dem alle. Serien utforsker hendelsene som kom som følge av Jesu korsfestelse. Som de fleste vet, så var korsfestelsen bare begynnelsen på historien om det som etterhvert ble verden største religion.

Disiplene blir spredt i vantro etter korsfestelsen, men så begynner ryktet å gå at graven er tom. Effektene på disiplene, Jesu Mor, Pilatus og Kaifas lar ikke vente på seg og oppstandelsen er på vei til å sette i gang hendelser som vil forandre verden. Følg disiplen i sin kamp med å spre ordet og forsøke å overleve i en verden der styresmaktene og de religiøse lederene motarbeider dem.