Black Book forteller historien om den unge kvinnen Rachel(van Houten), som med nød og neppe overlevde nazistenes inntog i Holland, men måtte se sin familie bli drept. Fast bestemt på å komme morderne til livs, slutter hun seg til motstandsbevegelsen for å infiltrere det tyske hovedkvarteret i Holland. Med kvinnelist og sjarm lykkes det henne å komme helt inn på nazistenes toppledelse, og hun kan nå forberede det endelige oppgjøret med sin families bødler.