Deloris blir vitne til et mafiamord og politiet vil gjerne bruke henne under den påfølgende rettssaken. Men som hovedvitne i en slik sak er hun naturligvis et potensielt offer for den organiserte forbrytervirksomheten i USA. Derfor beskytter politiet henne ved å gjemme henne bort i et kloster i San Francisco. For å få tiden til å gå på dette rolige stedet ber Deloris om å få overta ansvaret for klosterets grusomtklingende kor. Og priorinnen tar sjansen uten å vite at Deloris akter å innføre noen friske rockelåter i koret. For å gjøre repertoaret litt mere spiselig forandrer imidlertid Deloris tekstene slik at "My Guy" eksempelvis blir til "My God".